Bonjour et bienvenue,
Merci d'avoir pris le temps de présenter vos projets, fort intéressants.
Pour vous répondre, et hélas ma réponse n'aura rien d'enthousiasmant,
en l'état actuel du droit tout est possible pour l'administration, sauf pour les moulins et usines dont on peut prouver qu'ils sont en activité de manière continue et ne provoquent aucun trouble particulier aux milieux.
Cela tient à la publication du
décret du 1er juillet 2014, voir
son commentaire rapide ici, qui donne obligation au propriétaire de déclarer une remise en service avec possibilité aux autorités de répondre... comme elles veulent (refuser, demander des aménagements à volonté, accepter sans moufter, etc.). Donc difficile de vous dire ce que décideront les services du Préfet !
Ce décret est en (double) requête d'annulation au Conseil d'Etat, mais nul ne sait ce que le Conseil décidera.
Dans une situation "classique" (ou si vous voulez face à une administration "normale" qui n'agit pas pour décourager au maximum les propriétaires de moulins), le fait d'avoir un ouvrage légalement autorisé avant 1919 de moins de 150 kW ou d'avoir un moulin fondé en titre devrait vous permettre de le remettre en état (menus travaux de rafraichissement) et en service sans problème. Cela en rivières L1 comme en rivières L2.
Aujourd'hui, si vous écrivez à la DDT (comme vous l'indiquez déclaration + demande autorisation) en rivière L1, le plus probable (mais pas certain donc) est qu'on vous demande d'intégrer dans vos travaux une passe à poissons et une prise d'eau ichtyocompatible (grille fine + goulotte dévalaison) et que l'on suspende l'autorisation des travaux à cette condition, qui se traduira par une modernisation de l'ancien règlement d'eau. Il faut voir le coût que cela représente. Idem si vous étiez en L2 (dans ce cas, la DDT vous signalerait simplement l'obligation légale d'aménagement à 5 ans lié au 214-17 C env).
Bref, tout est possible : cela peut bien se passer (comme vous le décrivez, avec quelques menues demandes raisonnsables), mal se passer (on vous dit qu'il faut faire des aménagements écologiques qui se révèlent fort coûteux par rapport à votre budget), très mal se passer (on prononce l'état de ruine, le changement d'usage, la mise en danger des milieux, etc.), et cela dépend pour l'essentiel de la manière dont le service déconcentré de l'Etat (DDT, Onema) interprète les textes. Chacun connaît des rivières où il y a des fadas qui interdisent tout, d'autres où c'est beaucoup plus souple.
Enfin pour les annonces immobilières "avec droit d'eau", c'est à prendre avec des pincettes. J'ai raté une vente pour cette raison : le vendeur ne voulait pas mettre dans le compromis de vente toutes les conditions de sécurité du droit d'eau (= avancer les preuves de l'autorisation ou du fondé en titre, déclarer que le moulin n'avait jamais connu d'abrogation de son droit, affirmer qu'il a connu un usage occasionnel mais continu depuis qu'il est autorisé, etc.). En phase d'achat, c'est délicat de contacter la Préfecture parce que celle-ci peut se braquer (cf ci-dessus) et en profiter pour dire que le règlement est caduc ou qu'il devra faire l'objet de prescriptions complémentaires vagues. Dans tous les cas, vous pouvez et devez indiquer dans le compromis qu'une abrogation antérieure et non déclarée du droit d'eau serait condition d'annulation de la vente.