Comme indiqué dans les précédentes réponses, le classement en liste 1 n'implique pas l'impossibilité d'exploiter un seuil existant au moment de l'arrêté. Toutefois, ces rivières étant soit en très bon état écologique, soit en enjeu migrateur, l'administration a toutes les chances de se montrer particulièrement sourcilleuse quand elle verra arriver un dossier de remise en service.
Les deux points principaux sont :
- la validité du fondé en titre : l'administration peut choisir de la contester si l'ouvrage est jugé par elle en état de ruine ou de non-entretien, de telle sorte que sa remise en service demanderait des travaux substantiels pour restaurer l'usage de la puissance hydraulique. Sur ce point, le jurisprudence du Conseil d'Etat est conservatrice — il faut que la ruine soit quasi-complète — mais hélas, cela n'empêche pas des administrations locales de faire du zèle et de prononcer des états de ruine (par visite DDT-Onema) en estimant que le propriétaire n'aura pas le courage de faire une procédure au tribunal administratif (puis appel, puis CE si nécessaire). Donc en gros, soit le bien a été correctement entretenu et sa remise en service demande simplement de mettre du génie mécanique / génie électrique moderne, et l'administration jugera difficile de contester le fondé en titre ; soit le bien n'a pas été entretenu (par exemple canal d'amenée et de fuite presque totalement engravés, seuils à moitié défoncé, absence d'organes mobiles, etc.) et vous avez un risque nettement plus élevé d'arrêté constatant la déchéance du DFT (et du règlement d'eau s'il existe en plus du DFT).
- les diverses obligations lois sur l'eau : disposer d'un fondé en titre ne signifie pas que vous relevez du droit d'Ancien Régime

Bref, pas une partie de plaisir et le fait que le syndicat local de rivière ait déjà fait des propositions d'effacement au propriétaire n'est pas bon signe — les syndicats de rivières travaillent généralement main dans la main avec les services de police de l'eau (Onema-DDT), donc la volonté d'effacement indique un a priori hostile sur le terrain.
PS : la notion d'ouvrage "structurant" est un machin inventé par les Agences de l'eau pour justifier leur politique différentielle de subvention. En gros, un barrage est "structurant" s'il produit déjà de l'énergie ou s'il a une fonction non contestable (réserve d'irrigation ou d'eau potable, alimentation de canaux, etc.), de manière exceptionnelle une valeur patrimoniale et culturelle. Dans ce cas l'administration convient que l'on doit accepter son existence et que l'aménagement (à fin de continuité écologique) peut être partiellement subventionné. A priori pas votre cas — cela n'empêche que vous pouvez quand même demander des subventions (ou des indemnités pour charge exceptionnelle) ou essayer de faire prendre en charge l'aménagement dans le cadre du budget du syndicat de rivière. Là encore, c'est un domaine flou, avec une certaine dose d'arbitraire, dépendant de vos relations locales avec les élus et les administrations, ainsi que de votre capacité à monter des dossiers si possible appuyés par des avocats...