Beaucoup de propriétaires d'ouvrages hydrauliques et producteurs d'hydro-électricité ont du mal à s'y retrouver dans les autorités en charge de l'eau aujourd'hui, et les interlocuteurs pertinents.
L'Etat est le premier et principal interlocuteur du maître d'ouvrage, avec d'un côté son administration déconcentrée (DDT au premier chef, DREAL), d'un autre côté ses établissement publics administratifs dédiés à la connaissance ou la compétence technique (ONEMA, IRSTEA, ADEME, etc.). Au sein de la DDT, qui a remplacé les DDE et DDAF, c'est le service de Police de l'eau qui est en charge de surveiller, règlementer et le cas échéant sanctionner les ouvrages hydrauliques.
Les Agences de l'eau sont organisées par grands bassins hydrographiques : Seine-Normandie, Rhône-Méditerranée-Corse, Rhin-Meuse, Adour-Garonne, Loire-Bretagne, Artois-Picardie pour la métropole, et territoires ultramarins. L'Agence est autonome, elle perçoit les taxes sur l'eau, elle a un rôle politique (son Comité de bassin vote le SDAGE) et surtout un rôle financier (elle dépense des centaines de millions d'euros par an, argent venant des taxes sur l'eau).
Les établissements intercommunaux (EPCI comme les syndicats de rivière) ou intercollectivités (EPTB comme les parcs naturels régionaux) organisent par délégation de maîtrise d'ouvrage / maîtrise d'oeuvre des travaux en rivières. Ils ont un rôle technique (les petites communes n'ont pas de compétences eau et milieux aquatiques), un rôle politique (les Commissions locales de l'eau adoptent les SAGE, par exemple, ou priorisent des travaux) et un peu de fonds propres (abondés par les collectivités adhérentes), mais ils dépendent financièrement en bonne part des Agences de l'eau.
Si seul l'Etat dispose en dernier ressort du pouvoir régalien, il faut noter que des textes comme les SDAGE (Schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux) des Agences de l'eau et les SAGE (Schéma d'aménagement et de gestion des eaux) des syndicats sont opposables aux préfets de bassin, aux préfets de région et aux préfets de département. Or, ces textes sont plus ou moins favorables à la production d'hydro-électricité.
A retenir : le premier et principal interlocuteur du maître d'ouvrage pour ce qui est des autorités en charge de l'eau est le service de Police de l'eau de la DDT (Préfecture).